| 編號 | 研究室名稱 | 負責老師 |
| J20102 | 水處理技術研究室 | 黃文鑑 |
| J20201 | 生物處理研究室 | 王俊欽 |
| J20701 | 職業衛生與生物氣膠研究室 | 劉惠銘 |
| J30701 | 全球暖化及近岸環境變遷研究室 | 溫志中 |
| J40101 | 土壤及地下水復育研究室 | 王建明 |
| J40102 | 廢水處理技術發展研究室 | 范煥榮 |
| J40201 | 空氣毒理暨環境分析研究室(I) | 吳玉琛 |
| J40202 | 氣膠科學及工程研究室 | 羅金翔 |
| J40401 | 進階水質處理研究室 | 陳昌佑 |
| J40501 | 綠色電能轉換研究室 | 余森年 |
| J40502 | 綠色防火材料研究室 | 江金龍 |
| J40601 | 高級氧化與奈米技術研究室 | 蘇弘毅 |
| J40602 | 場址調查與整治研究室 | 張明琴 |
| J40701 | 綠色科技及電化學污染整治研究室 | 周偉龍 |
| J60301 | 通風研究室 | 呂牧蓁 |
| J60302 | 大氣與空污模擬研究室 | 盧信忠 |
| J60303 | 職安衛生規劃研究室 | 賈台寶 |
| J60601 | 空氣毒理暨環境分析研究室(II) | 方國權 |