本系畢業生畢業後，有一定比例之畢業生繼續升學，在國內各相關領域研究所﹝包括博士班﹞就讀。環安系學生畢業後可選擇攻讀的研究所如下：
| 環境科學與工程研究所 |
土木與生態工程研究所 |
| 環境工程研究所 |
土木防災工程研究所 |
| 環境管理研究所 |
職業醫學與工業衛生研究所 |
| 環境衛生研究所 |
環境與職業衛生研究所 |
| 環境工程與科學研究所 |
職業安全與防災研究所 |
| 環境規劃與管理研究所 |
職業安全衛生研究所 |
| 自然資源與環境管理研究所 |
產業安全與防災研究所 |
| 水資源及環境工程學研究所 |
環境與安全衛生工程研究所 |
| 環境資源與能源科技研究所 |
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